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Rでの分散分析関数はaov, anovaが用意されている。 被験者内要因があっても誤差項を指定できるので便利。 記述例 (松井先生のサイトを参照)
# 2要因混合釣合型  aov(result ~ a * b + Error(s:a + s:a:b), SPFp.q)))

ただし、どちらもType I平方和を使っている。 Type II, IIIを使うにはcarパッケージのAnova関数を使う。 ただし、こちらは誤差項は指定できない。 あと、線形回帰なのでlm関数も同じ結果を返す (summary()に渡すオブジェクトは違う)

平方和の解説
中澤先生: http://phi.ypu.jp/swtips/Rnewsarchives.html#SAS-SS
岸本先生: http://mat.isc.chubu.ac.jp/fpr/fpr1999/0051.html
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