myscratchpad

source("https://blog.cnobi.jp/v1/blog/user/89d80905c7038b4121822249e9062fba/1275792703")
tobj # 中身の表示
## 要素名はabbreviate関数で短くしてある。
## row names were found from a short variable and have been discarded という警告が出るが気にしない。…いや、できれば消したいがやり方がわからない
### 関係ないが、この日本語訳は"列名は短い変数から見つけられ、捨て去られました"となる。たぶん"列名"ではなく"行名"の誤訳だろう。

## サンプル
x1 <- rnorm(10)
x2 <- rnorm(10)
res <- t.test(x1, x2)
res2 <- t.test(x1, x2, paired=T)
tobj(res)
tobj(res2)

## t検定繰り返しサンプル
dat <- data.frame(a1=c(9,7,8,8,12,11,8,13), a2=c(6,5,6,3,6,7,10,9), a3=c(10,13,8,13,12,14,14,16), a4=c(9,11,13,14,16,12,15,14))
dat

cbn <- combn(names(dat), 2) # 組合せ
tresdat <- tobj(t.test(rnorm(10), rnorm(10), paired=T)); tresdat[1,] <- NA # 結果格納用データフレーム

for (i in 1:ncol(cbn)) {
tres <- t.test(dat[,cbn[1,i]], dat[,cbn[2,i]], paired=T)
tob <- tobj(tres)
tresdat[i,] <- tob
}
rownames(tresdat) <- apply(cbn, 2, function(x) paste(x, collapse=","))
tresdat
## Holm法でp値の調整をする
pholms <- p.adjust(tresdat[,"p.vl"], "holm")
tresdat <- data.frame(tresdat, pholms)
colnames(tresdat) <- c(colnames(tresdat[-ncol(tresdat)]), "Pr(>|t|).Holm")
print.anova(tresdat) ## 有意の星をつける。文字型の変数は01にされる


source("https://blog.cnobi.jp/v1/blog/user/89d80905c7038b4121822249e9062fba/1275792703")
## 縦型データで繰り返し、対応なしにしてみる
dat <- data.frame(a1=c(9,7,8,8,12,11,8,13), a2=c(6,5,6,3,6,7,10,9), a3=c(10,13,8,13,12,14,14,16), a4=c(9,11,13,14,16,12,15,14))
dat
datl <- stack(dat)
val <- datl$value
idv <- datl$ind
cbn <- combn(levels(idv), 2)
tresdat <- tobj(t.test(rnorm(10), rnorm(10), paired=F)); tresdat[1,] <- NA # 結果格納用データフレーム
for (i in 1:ncol(cbn)) {
tres <- t.test(val[which(idv==cbn[1,i])], val[which(idv==cbn[2,i])], paired=F)
tob <- tobj(tres)
tresdat[i,] <- tob
}
rownames(tresdat) <- apply(cbn, 2, function(x) paste(x, collapse=","))
tresdat
## Holm法でp値の調整をする
pholms <- p.adjust(tresdat[,"p.vl"], "holm")
(tresdat <- data.frame(tresdat, pholms))
colnames(tresdat) <- c(colnames(tresdat[-ncol(tresdat)]), "Pr(>|t|).Holm")
print.anova(tresdat) ## 有意の星をつける。文字型の変数は01にされる