myscratchpad

pairwise.t.test関数はt値が出力されないのでt値と自由度を出力するようにした。
信頼区間を出してもいいが、p値を調整した信頼区間に何か意味があるのかよくわからないので勘弁してやろう

source("https://blog.cnobi.jp/v1/blog/user/89d80905c7038b4121822249e9062fba/1275849015")

## サンプル
dat <- data.frame(a = factor(c(rep("a1",8), rep("a2",8), rep("a3",8), rep("a4",8))), result = c(9,7,8,8,12,11,8,13, 6,5,6,3,6,7,10,9, 10,13,8,13,12,14,14,16, 9,11,13,14,16,12,15,14))

ptest(dat$result, dat$a)
## 参考に、pairwise.t.testで
pairwise.t.test(dat$result, dat$a)
## paired=Tにしたとき、あるいはプールされた標準偏差を用いない場合は単にt検定を繰り返しているだけなのでこっちでやる。

## 参考に、青木先生の関数。感謝
source("http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/src/Bonferroni.R", encoding="euc-jp")
Bonferroni(dat$result, dat$a,  "Holm")
round(p.adjust(Bonferroni(dat$result, dat$a,  "Holm")$result2[,2], "holm"), 5)