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aov関数の方がいろんな用途に使えて便利そうなのだが、タイプ1平方和を計算する。
なので、carパッケージのAnova関数を勉強しようと思っていた。
タイプIIかタイプIIIかは議論の分かれるところらしく、別に個人的にはタイプIIでもよいと思う。
しかし、上述のとおりaovではタイプIしか出ない…と思っていたのだが、基本に返って (今頃) Jonathan Baronの解説を読んでみると、SASやSPSSで平方和の指定をデフォルトのタイプ3からタイプ2にすれば、RとSASやSPSSは同じ結果になるよ、と書いてある。
「RでSASやSPSSと同じ出力が欲しい！」という人はそういう回答を求めてないと思うのだが…
ということは、非釣合型の分散分析でもaovでOKじゃないか、と思ったので上記HPの解説とanovakunのタイプ2指定の出力を比較してみた。
上記HP、6.8.1 Example 1: Mixed Models Approach to Within-Subject Factors (Hays, 1988, Table 13.21.2, p. 518)のUnbalanced (Nonorthogonal) Designs セクションより
以下転載
#データ生成
data1<-c(49,47,46,47,48,47,41,46,43,47,46,45,48,46,47,45,49,44,44,45,42,45,45,40,49,46,47,45,49,45,41,43,44,46,45,40,45,43,44,45,48,46,40,45,40,45,47,40)
### 交互作用ありにしたいときは以下を使う (適当にデータをいじったもの)
###data1<-c(49,10,46,47,48,47,41,46,43,5,46,5,48,46,47,45,100,44,44,45,42,45,45,40,49,46,47,45,49,45,41,43,44,46,100,40,45,43,44,45,48,46,40,45,10,45,10,40)
## 見やすくした (上記HPのコードを少し修正した。HPのままこぴぺするとエラーになる)
matrix(data1, ncol= 4, dimnames = list(paste("subj", 1:12), c("Shape1.Color1", "Shape2.Color1" ,"Shape1.Color2", "Shape2.Color2")))
## anovakunでも検証するためにデータフレームにした
datkun <- data.frame(matrix(data1, ncol= 4, dimnames = list(paste("subj", 1:12), c("Shape1.Color1", "Shape2.Color1" ,"Shape1.Color2", "Shape2.Color2"))))
# aov用のデータフレーム作成
Hays.df <- data.frame(rt = data1, subj = factor(rep(paste("subj", 1:12, sep=""), 4)), shape = factor(rep(rep(c("shape1", "shape2"), c(12, 12)), 2)), color = factor(rep(c("color1", "color2"), c(24, 24))))
# 非釣合型のデータにするため、grp変数を付け加える
Hays.df$grp <- factor(rep(c(1,1,1,1,1,1,1,1,2,2,2,2), 4))
## anovakun用のデータフレームにも付け加える
grp <- c(1,1,1,1,1,1,1,1,2,2,2,2)
datkun <- data.frame(cbind(grp, datkun))
# aovで分析
summary(aov(rt ~ grp*color*shape + Error(subj/(color+shape)), data=Hays.df))
## HPの記述は誤差項のカッコをつけわすれている; summary(aov(rt ~ grp*color*shape + Error(subj/shape+color), data=Hays.df))
# anovakunで分析
anovakun(datkun, "AsBC", 2, 2, 2, type2=T)
出力は全く同じになった。
結論: もうaovでやろう。lm, glmを使ったとき、気が向いたらAnovaを使おう。あと、そろそろまじめに平方和について勉強しよう
最近知ったのだが、anova関数はそもそも尤度を使ってモデル比較をするための関数らしい。知らないことが多いものだ
誤差項はスラッシュを使うよりも以下の形にしたほうが見やすい出力になる
被験者*対応がある要因をs:aとする。
後は足していくだけ
s:a + s:b + s:a:b
なので、carパッケージのAnova関数を勉強しようと思っていた。
タイプIIかタイプIIIかは議論の分かれるところらしく、別に個人的にはタイプIIでもよいと思う。
しかし、上述のとおりaovではタイプIしか出ない…と思っていたのだが、基本に返って (今頃) Jonathan Baronの解説を読んでみると、SASやSPSSで平方和の指定をデフォルトのタイプ3からタイプ2にすれば、RとSASやSPSSは同じ結果になるよ、と書いてある。
「RでSASやSPSSと同じ出力が欲しい！」という人はそういう回答を求めてないと思うのだが…
ということは、非釣合型の分散分析でもaovでOKじゃないか、と思ったので上記HPの解説とanovakunのタイプ2指定の出力を比較してみた。
上記HP、6.8.1 Example 1: Mixed Models Approach to Within-Subject Factors (Hays, 1988, Table 13.21.2, p. 518)のUnbalanced (Nonorthogonal) Designs セクションより
以下転載
#データ生成
data1<-c(49,47,46,47,48,47,41,46,43,47,46,45,48,46,47,45,49,44,44,45,42,45,45,40,49,46,47,45,49,45,41,43,44,46,45,40,45,43,44,45,48,46,40,45,40,45,47,40)
### 交互作用ありにしたいときは以下を使う (適当にデータをいじったもの)
###data1<-c(49,10,46,47,48,47,41,46,43,5,46,5,48,46,47,45,100,44,44,45,42,45,45,40,49,46,47,45,49,45,41,43,44,46,100,40,45,43,44,45,48,46,40,45,10,45,10,40)
## 見やすくした (上記HPのコードを少し修正した。HPのままこぴぺするとエラーになる)
matrix(data1, ncol= 4, dimnames = list(paste("subj", 1:12), c("Shape1.Color1", "Shape2.Color1" ,"Shape1.Color2", "Shape2.Color2")))
## anovakunでも検証するためにデータフレームにした
datkun <- data.frame(matrix(data1, ncol= 4, dimnames = list(paste("subj", 1:12), c("Shape1.Color1", "Shape2.Color1" ,"Shape1.Color2", "Shape2.Color2"))))
# aov用のデータフレーム作成
Hays.df <- data.frame(rt = data1, subj = factor(rep(paste("subj", 1:12, sep=""), 4)), shape = factor(rep(rep(c("shape1", "shape2"), c(12, 12)), 2)), color = factor(rep(c("color1", "color2"), c(24, 24))))
# 非釣合型のデータにするため、grp変数を付け加える
Hays.df$grp <- factor(rep(c(1,1,1,1,1,1,1,1,2,2,2,2), 4))
## anovakun用のデータフレームにも付け加える
grp <- c(1,1,1,1,1,1,1,1,2,2,2,2)
datkun <- data.frame(cbind(grp, datkun))
# aovで分析
summary(aov(rt ~ grp*color*shape + Error(subj/(color+shape)), data=Hays.df))
## HPの記述は誤差項のカッコをつけわすれている; summary(aov(rt ~ grp*color*shape + Error(subj/shape+color), data=Hays.df))
# anovakunで分析
anovakun(datkun, "AsBC", 2, 2, 2, type2=T)
出力は全く同じになった。
結論: もうaovでやろう。lm, glmを使ったとき、気が向いたらAnovaを使おう。あと、そろそろまじめに平方和について勉強しよう
最近知ったのだが、anova関数はそもそも尤度を使ってモデル比較をするための関数らしい。知らないことが多いものだ
誤差項はスラッシュを使うよりも以下の形にしたほうが見やすい出力になる
被験者*対応がある要因をs:aとする。
後は足していくだけ
s:a + s:b + s:a:b
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